Filottete, il grande arciere, dirigeva un contingente di sette navi armate che facevano rotta per Troia. Durante uno scalo a Lemno fu morso da un serpente velenoso. La flotta achea lo abbandonò in quell'isola, solo, con le sue armi, e proseguì verso Troia. Filottete rimase dieci anni in quell'isola deserta, nutrendosi degli uccelli che abbatteva con le sue frecce, che erano quelle di Eracle. Avendo però l'oracolo detto che Troia non si poteva prendere senza le frecce di Filottete, i capi Achei si ricordarono di lui (Iliade libro II).

 Dopo la caduta di Troia, Filottete tornò a casa sano e salvo (Odissea libro III). Queste sono le uniche circostanze in cui Omero menziona il brillante figlio di Peante. Ma la sua leggenda era familiare ai greci, altri narratori ci hanno dato altri particolari su questo eroe, al quale Sofocle ha dedicato una tragedia giunta sino a noi. Quando Eracle salì sul rogo funebre eretto in cima al monte Eta, né suo figlio Illo, né suo nipote Iolao, che l'avevano accompagnato fin lì, ebbero il coraggio di dargli fuoco. Ma sulla montagna si trovavano in quel momento Filottete e suo padre, un pastore dell'Etolia di nome Peante, e Filottete si rassegnò ad appiccare il fuoco alla pira. In segno di riconoscenza, Eracle diede al giovane il suo arco e le sue frecce. Filottete divenne re dell'Etolia e in questa sua veste fu uno dei pretendenti alla mano della bella Elena. Fu così che partecipò alla spedizione contro Troia e in seguito fu abbandonato sull'isola di Lemno.

Abbandonato sulla sua isola per dieci anni, Filottete fu il Robinson Crusoe dell'antichità greca.

Secondo alcune versioni, l'isola non era Lemno ma Tenedo, e il morso del serpente era stato istigato da Era, che voleva punire Filottete per aver aiutato Eracle. La piaga non si cicatrizzava. Agamennone, alla testa della sua flotta pronta a salpare per Troia, diede l'ordine di abbandonare Filottete. Ulisse lo portò sull'isola di Lemno, allora deserta, e lo lasciò solo con le sue armi. Passarono nove interminabili anni. La disperazione degli achei si accrebbe ulteriormente con la morte di Achille. Ulisse riuscì ad impadronirsi di Eleno, il principe troiano dotato di poteri profetici. Calcante, l'indovino che accompagnava gli achei, aveva predetto che soltanto a Eleno era noto il modo di portare a termine vittoriosamente la guerra. Per avere salva la vita, il principe troiano rivelò che non sarebbe stato possibile sconfiggere la sua città senza l'aiuto delle armi di Eracle, attualmente in possesso di Filottete. Ulisse e Neottolemo, il figlio di Achille, partirono allora per Lemno. Qui scoprirono Filottete infermo e in cenci, ma niente affatto disposto ad andare a Troia. Ulisse allora si impossessò con astuzia dell'arco e delle frecce di Eracle. Ma l'idea di aver privato in quel modo delle sue armi un uomo tanto sventurato ripugnò Neottolemo, il quale si disponeva ad abbandonare il campo acheo e a ricondurre personalmente Filottete nel suo regno in Etolia. Ne fu impedito da Eracle, che apparve di persona e rivelò la volontà di Zeus : Filottete doveva partire per Troia, perché ormai era segnato che egli uccidesse Paride, la cui scelleratezza aveva provocato la guerra.

La sua ferita allora sarebbe guarita e i combattimenti avrebbero avuto fine. Così Filottete andò a Troia accompagnato da Neottolemo. Macaone, figlio di Asclepio, gli curò la ferita. E, così come era stato decretato dagli dei, Filottete uccise Paride e Troia fu distrutta.