Figlio di Zeus e di Antiope, figlia a sua volta di Nitteo di Tebe, discendente di Cadmo. Quando Nitteo seppe che sua figlia era incinta, la cacciò di casa. Antiope andò a Sicione presso lo zio Lico, che la tenne come prigioniera. Quando nacquero due gemelli, Anfione e Zeto, Lico ordinò che i bambini fossero abbandonati sul monte Citerone perché morissero. Ma i piccoli furono scoperti da un pastore, che li allevò. Antiope fu riportata alla Cadmea ( la cittadella di Tebe ) da Lico e dalla sua sposa Dirce, che erano appena succeduti a Nitteo. Dirce trattò Antiope in maniera tanto crudele da spingerla a fuggire e a recarsi presso i figli.

Nella Grecia antica, così come nella maggior parte delle civiltà di tutto il mondo, la musica ebbe in origine un significato magico. Tipico a questo riguardo è il mito di Anfione : il suono della sua lira è capace di trasformare un ammasso di pietre in edifici armoniosi.

Diventati adulti, Anfione e Zeto vendicarono la madre uccidendo Lico e facendo trascinare Dirce da un toro. I due fratelli si impossessarono del regno tebano e costruirono una nuova città ai piedi della Cadmea. Zeto portava i blocchi di pietra, mentre Anfione suonava la lira che gli aveva dato Ermes e che aveva un suono magico. La musica era così dolce che le pietre le obbedivano e si disponevano da sé nel posto voluto. I due fratelli regnarono di concerto su quella città.